Secţia medicală organizează şi gestionează serviciul medical al Armatei Naţionale, planifică întrebuinţarea forţelor şi mijloacelor serviciului medical la misiuni de apărare şi altor misiuni ale trupelor Armatei Naţionale. Totodată, Secţia participă la cooperarea militară internaţională, întreţinerea relaţiilor internaţionale cu serviciul medical a altor state şi cu organizaţiile internaţionale, în conformitate cu atribuţiile sale. În acelaşi timp, structura este responsabilă de asigurarea medicală şi executarea misiunilor de sprijin medical la lichidarea consecinţelor calamităţilor naturale, avariilor tehnogene, catastrofelor ecologice şi misiunilor de acordare a asistenţei umanitare, în cazurile excepţionale şi în modul stabilit de legislaţia în vigoare.