J3 Direcţia operaţii are misiunea de a elabora planurile operaţionale privind întrebuinţarea Forţelor Armate (şi în particular a Armatei Naţionale) pe timp de pace, în situaţii de criză şi la război, precum şi a executa verificarea capacităţii de luptă şi de mobilizare a trupelor.

Direcţia planificare strategică asigură sprijinul şi expertiza necesară conducerii Marelui Stat Major al Armatei Naţionale în procesul de luare a deciziilor în domeniul de planificare strategică a construcţiei militare şi întrebuinţarea Armatei Naţionale în ceea ce priveşte caracterul acţiunilor forţelor şi capabilităţile necesare pentru executarea misiunilor determinate, asistă structurile din compunerea şi subordinea Marelui Stat Major în procesul de transformare a Armatei Naţionale, în implementarea activităţilor şi instrumentelor de cooperare militară internaţională, precum şi coordonează activităţile din cadrul Armatei Naţionale ce ţin de controlul armamentelor.

J7 Direcţia instruire întrunită şi doctrine are misiunea de a asigura planificarea generală, organizarea, conducerea şi evaluarea procesului de instruire în Armata Naţională şi instituţiile Ministerului Apărării, precum şi la catedrele militare din cadrul instituţiilor de învăţămînt superior universitar de stat.

Direcţia pensii are misiunea de a susţine financiar centrele militare teritoriale şi a asigura cu pensii militarii trecuţi în rezervă şi membrii familiilor militarilor decedaţi, precum şi a acorda înlesniri, indemnizaţii invalizilor şi veteranilor conform legislaţiei în vigoare.

Secţia medicală are misiunea de a asigura, gestiona şi pregăti serviciul medical al Armatei Naţionale pentru planificarea şi desfăşurarea activităţilor de asigurare şi asistenţă medicală a militarilor la nivelul unităţilor militare, precum şi pentru asigurarea medicală a operaţiilor (acţiunilor de luptă) sau altor acţiuni determinate de destinaţia Armatei Naţionale.